Durante el sexenio actual, la Secretaría de Energía es la dependencia con la mayor variación entre el gasto que se le aprobó y el que ejerció. Al sumar el monto aprobado en los presupuestos de 2013 a 2015 la cifra alcanza ocho mil 717 millones de pesos, mientras que la dependencia ejerció más de 225 mil millones.
De acuerdo a datos de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP), las variaciones en los gastos se deben principalmente a que en los cierres de año la Sener recibe recursos adicionales que se destinan a apoyar principalmente el gasto de la Comisión Federal de Electricidad (CFE) para la generación de electricidad y de Petróleos Mexicanos, específicamente para la producción de hidrocarburos y productos derivados del petróleo.
El presupuesto original aprobado para la Sener acumula dos años consecutivos en contracción pues para el ejercicio 2015 los recursos de la dependencia bajaron 6.2%, pues en un principio sólo tenía aprobado un gasto de tres mil 88 millones de pesos, es decir 205 millones menos que en 2014.